(EN) Described herein is a method of detecting secondary infection in a patient, particularly a patient with a primary infection that is a pneumonia, a COVID-19 infection, or a COVID-19 pneumonia. In some cases, the secondary infection is a secondary bacterial infection, e.g., secondary bacterial pneumonia. In some cases, the methods provided herein detect a hyper-inflammatory response or severity of disease, e.g., indicating a severe COVID-19 infection, or provide a risk of death from a disease (e.g., COVID-19). This disclosure also provides method of detecting a localized respiratory infection in a subject by quantifying microbial cell-free nucleic acids (e.g., mdfDNA) from plasma from the subject. In some cases, the subject is not bacteremic when plasma is collected from the subject. This disclosure also provides systems, such as nucleic acid-sequencing systems with increased reliability for detecting secondary infections, particularly in patients with culture-negative pneumonia.
(FR) La divulgation concerne une méthode de détection d'une infection secondaire chez un patient, en particulier un patient souffrant d'une infection primaire qui est une pneumonie, une infection à COVID-19 ou une pneumonie due à la COVID-19. Dans certains cas, l'infection secondaire est une infection bactérienne secondaire, par exemple une pneumonie bactérienne secondaire. Dans certains cas, les méthodes de la présente divulgation permettent de détecter une réponse hyper-inflammatoire ou de déterminer la gravité d'une maladie, par exemple en révélant une infection grave à COVID-19, ou permettent de déterminer un risque de décès dû à une maladie (par exemple la COVID-19). La présente divulgation concerne également un procédé de détection d'une infection respiratoire localisée chez un sujet par quantification d'acides nucléiques acellulaires microbiens (par exemple de l'ADNmdf) à partir de plasma provenant du sujet. Dans certains cas, le sujet n'est pas septicémique lorsque du plasma est recueilli auprès de ce dernier. La présente divulgation concerne en outre des systèmes, tels que des systèmes de séquençage d'acides nucléiques présentant une fiabilité accrue pour la détection d'infections secondaires, en particulier chez des patients présentant une pneumonie à culture négative.
