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1. WO2022137047 - METHOD FOR MAKING A PHYSICAL MAP OF A POPULATION OF BARCODED PARTICLES

Publication Number WO/2022/137047
Publication Date 30.06.2022
International Application No. PCT/IB2021/061892
International Filing Date 17.12.2021
IPC
C12Q 1/6841 2018.1
CCHEMISTRY; METALLURGY
12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
1Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
68involving nucleic acids
6813Hybridisation assays
6841In situ hybridisation
CPC
C12Q 1/6841
CCHEMISTRY; METALLURGY
12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS
1Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms
68involving nucleic acids
6813Hybridisation assays
6841In situ hybridisation
Applicants
  • PIXELGEN TECHNOLOGIES AB [SE]/[SE]
Inventors
  • FREDRIKSSON, Simon
  • KARLSSON, Filip
Priority Data
63/129,24822.12.2020US
63/168,11930.03.2021US
Publication Language English (en)
Filing Language English (EN)
Designated States
Title
(EN) METHOD FOR MAKING A PHYSICAL MAP OF A POPULATION OF BARCODED PARTICLES
(FR) PROCÉDÉ DE FABRICATION D'UNE CARTE PHYSIQUE D'UNE POPULATION DE PARTICULES À CODE À BARRES
Abstract
(EN) Provided herein is a method for making a physical map of a population of barcoded particles. In some embodiments, the method may involve: producing a complex comprising: i. a population of barcoded particles, wherein the barcoded particles are uniquely barcoded by surface-tethered oligonucleotides that have unique particle identifier sequences; and ii. a population of bridging moieties that comprises oligonucleotide sequences; wherein the bridging moieties are hybridized directly or indirectly to complementary sites in the surface-tethered oligonucleotides; performing a ligation, polymerization and/or a gap-fill/ligation reaction on the complex, thereby producing reaction products that comprise pairs of unique particle identifier sequences or complements thereof from adjacent barcoded particles; sequencing the reaction products, analyzing the sequences to making one or more physical maps of the barcoded particles. Systems for practicing the method are also provided.
(FR) L'invention concerne un procédé de fabrication d'une carte physique d'une population de particules à code à barres. Selon certains modes de réalisation, le procédé peut consister à : produire un complexe comprenant : i. une population de particules à code à barres, les particules à code à barres étant codées de manière unique par des oligonucléotides attachés en surface qui possèdent des séquences d'identifiant de particules uniques ; et ii. une population de fractions de pontage qui comprend des séquences oligonucléotidiques ; les fractions de pontage étant hybridées directement ou indirectement à des sites complémentaires dans les oligonucléotides liés à la surface ; effectuer une réaction de ligature, de polymérisation et/ou une réaction de remplissage d'espace/ligature sur le complexe, ce qui permet de produire des produits de réaction qui comprennent des paires de séquences d'identifiants de particules uniques ou de compléments associés à partir de particules à code à barres adjacentes ; séquencer les produits de réaction, analyser les séquences pour produire une ou plusieurs cartes physiques des particules à code à barres. L'invention concerne également des systèmes pour mettre en œuvre le procédé.
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